לרפואה מרחוק קיימים יתרונות רבים אך עם זאת האתגר הגדול ביותר שלה הוא שמירה על פרטיות המטופל. בעקבות כך פירסמה הרשות להגנת הפרטיות מסמך שמציג את האתגרים הרבים שקשורים לרפואה מרחוק ואת הפעולות שצוותי הרפואה צריכים לעשות על מנת לשמור על פרטיות המטופל.
בעקבות כך מציין ד"ר אהוד מירון "שמירה על פרטיות המטופל צריכה להיות בראש סדר העדיפויות של הרופא המטפל, וחובתו המקצועית מעבר להענקת הטיפול הרפואי היא להיות מודע לאמצעים הטכנולוגיים בהם הוא משתמש כדי לוודא שהוא מצליח לשמור על פרטיות המטופל ככל שניתן."
